Шамот, когда печь не горит, впитывает влагу. Когда вы разжигаете печь, то влага в шамоте начинает закипать, расширяется, и кирпич даёт трещины. Именно поэтому нужно разжигать печь медленно, постепенно, что бы дать возможность влаге испариться (как бы просушить шамот).
Если трещины в шамоте тонкие, малые, нет проблем. Вы можете смело продолжать эксплуатировать печь.
Если трещины существенные, то вы можете их замазать глиняным раствором. Если кирпич уже раскололся и рассыпается, то его конечно нужно менять.